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scCOOL-seq+smart-seq2

产品介绍

一种单细胞多组学测序方法，能够同时分析单个细胞的染色质状态、核小体定位、DNA甲基化、CNV变异、染色体倍性、转录组这6个层面的数据。


技术流程

部分结果展示

图片2.png

  TSS上下游染色质可及性(NDR)水平曲线图



图片3.png

FPKM、NDR、Met水平聚类热图



图片4.png

                                                                                                                Met与基因表达丰度IGV图


送样要求

一、
从组织分离单细胞，要求是新鲜的组织，没有经过冷冻、固定等处理；
二、
保证细胞活性和形态完整，不要损伤细胞；
三、
分离的单细胞放入公司提供的裂解液中，使用200µl的PCR管,每管裂解液用量为3.5µl，放入细胞时带入缓冲液体积不要超过1µl；
四、
细胞数量：每个PCR管中放入一个或多个细胞，每种细胞建议取5-8个细胞做重复；
五、
单细胞放入裂解液后，离心将装有单细胞的裂解液甩至管底后，做好记录，-80℃保存，干冰运输。运输的时候要将管子做好包装，放入干冰中，以防运输过程中管子损坏。

常见问题

scCOOL-seq与ScTrio-seq的区别？

scCOOL-seq技术主要是对细胞基因组进行测序，最后可对5个层面（染色质状态、核小体定位、DNA甲基化、基因组拷贝数变异和染色体倍性）的基因组和表观基因组特征进行分析；而ScTrio-seq技术是对单细胞同时做基因组和转录组或甲基化与转录组进行测序分析。


scCOOL-seq技术优点有哪些？

该方法可以更好地覆盖全基因组，有效地解决了目前scATAC-seq研究中线粒体片段过度富集导致的有效数据量过少的问题。同时，该方法可以同时分析单个细胞中染色质开放程度、核小体定位、DNA甲基化、基因组拷贝数变异、以及染色体倍性这5个组学层面，此方法对于难以大量获得的哺乳动物早期胚胎细胞的发育、以及复杂癌症等疾病研究，都将提供更全面有效的解决方案。