单细胞转录组在样本制备和实验操作等方面,面临着诸多挑战,为解决这些问题,10X Genomic 推出了Fixed RNA(RNA 固定)技术。该技术使用多聚甲醛固定组织或细胞悬液,可以在不牺牲完整性或数据质量的情况下,安全地存储和运输样本;此外,利用 Fixed RNA 技术还可实现稳定的混样测序,一次性分析数十万个固定的单细胞,从而为样本获取、管理和处理提供了高效而简化的工作流程,也为通量提高和批量分析创造了新的可能。值得注意的是,Fixed RNA 技术还实现了 FFPE 样本在单细胞水平的研究,可以解锁大量储存在医院以及生物样本库中的 FFPE 样本的宝贵信息。
图2:10X Genomic官方效果展示图
它能够使用基于探针的方法对单个细胞的转录组(人或小鼠)进行全面分析。Feature Barcode技术的加入还能同时分析细胞表面蛋白的表达,帮助您从多个维度探索复杂生物学。此产品还支持混样分析,可提高实验的通量和效率。
一项直接比较研究的结果表明,单细胞基因表达Flex分析的灵敏度是单细胞3'基因表达分析的两倍。
样本固定可以保留细胞状态,消除使单细胞分析具有挑战性的时间限制。有了固定方案,珍贵或脆弱样本能够实现从采集点到研究中心(如中心实验室或服务商)的运输,以便进行样本处理。固定还可以实现批量分析,简化工作流程,并降低可变性,从而提高效率。固定还能中和传染源,并且在正确验证此步骤后,可能不再需要在生物安全三级实验室(BSL-3)中处理样本。
人类和小鼠的样本都与此分析兼容。您可以从新鲜或冷冻的单细胞/单细胞核悬液或组织开始,按照我们的固定方案进行操作,也可以从FFPE组织开始,按照我们的示范方案进行操作,以便获得解离FFPE组织用于单细胞基因表达Flex分析的指引。
Cell Ranger是一组分析流程,可自动生成每个细胞的表达谱,并识别具有相似表达谱的细胞簇。随后,我们的可视化软件Loupe Browser可用于交互式探索结果。这两个工具都能从我们的支持网站免费下载,您可在自己的计算机上分析10x Genomics数据集。10x Genomics云端分析(currently available in the US and Canada only)支持您通过简单的web界面来处理单细胞基因表达Flex分析的数据,利用经过优化的可扩展架构来快速获得结果。用户可以通过这个云端界面设置和运行cell Ranger流程。