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单细胞转录组（全长）

产品介绍

在单细胞水平对带poly（A)尾巴的RNA分子（主要为mRNA）进行转录组全长扩增及高通量测序的一种高端技术，具体方法采用改进的Smart-seq2技术，能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增，在分析不同细胞间差异表达之外，还能深入检测到细胞内融合基因，可变剪切，基因位点突变等信息。主要用于细胞分子机制中细胞异质性研究、以及因样本量少而无法进行常规bluk样本高通量测序等。


技术流程

部分结果展示

测序数据质量

基因表达PV-FC散点图（火山图），红色代表差异显著的基因


基因表达聚类图

 

送样要求

一、
从组织分离单细胞，要求是新鲜的组织，没有经过冷冻、固定等处理。
二、
保证细胞活性和形态完整，不要损伤细胞。
三、
分离的单细胞放入公司提供的裂解液中，使用200µl的PCR管,每管裂解液用量为4µl，放入细胞时带入缓冲液体积不要超过1µl。
四、
细胞数量：每管/每孔放入一个细胞，每种细胞建议取5个细胞做重复。
五、
单细胞放入裂解液后，-80℃保存，干冰运输。运输的时候要将管子做好包装，放入干冰中，以防运输过程中管子损坏。
六、
裂解液-80℃保存，避免反复冻融。
七、
操作过程尽量保持低温环境，加入单细胞的裂解液尽快放入-80℃保存，最好不要 超过1小时，中间的时间越短越好。
八、
样本一旦放在-80℃或干冰冻存之后，不能反复化冻。

常见问题

单细胞转录组测序（全长），什么是全长测序，是全转录组测序吗？

不是，单细胞转录组全长测序是指mRNA全长测序。采用改进的Smart-seq2技术，能够满足高灵敏度、无偏好性的cDNA扩增，在分析不同细胞间差异表达之外，还能深入检测到细胞内融合基因、可变剪切、基因突变等信息。

单细胞转录组全长测序，测序数据量能达到普通测序吗？这里面有多少是有用的？

可以达到普通测序的数据量，转录组6G。因为经过了扩增，核酸量达到了普通测序的量。测序数据经过质控、与参考基因组的比对，可以判断质量，质量合格后进行进一步的分析。

单细胞mRNA测序， 极客基因有三种方法，主要的区别是什么？

1、基于 Smartseq2的全长mRNA测序， 测序序列比对后能覆盖mRNA全长，不但能够分析基因表达，还能深入分析可变剪切、基因突变等信息。通量低、成本高，适用于样品数量不多的情况。 smartseq2主要实验步骤：单细胞裂解释放RNA——反转录——扩增——纯化——质检——DNA片段化——构建测序文库——测序——生信分析 ；

2、极客基因高通量Multiplexed（多标签）单细胞转录组测序， 能够同时处理上百个细胞，研究大量单细胞样品间的基因表达差异，进行细胞分群。通量提高、成本降低。非全长mRNA，不能看可变剪切等信息。 主要实验步骤：单细胞裂解释放RNA——反转录——扩增——pooling、纯化——质检——DNA片段化——构建测序文库——测序——生信分析 ；

3、10X单细胞转录组测序， 同时测一个组织中上万个细胞的mRNA，分析基因差异表达、细胞分群。检测到的基因数量较其它方法少，通量高，成本低。