单细胞测序技术发展迅速,主要是由于其能解决稀有样本测序和群体细胞异质性两个难题,且在各组学中都得到了充分地应用。近年来,将单细胞测序和ATAC测序技术进行结合,完成了单细胞测序技术的进阶,此方法具有通量高、成本低、易操作等特点,成为单细胞表观遗传学的一大突破。
10×单细胞ATAC-seq,以高分辨率研究染色质开放区域,为成千上万个单细胞提供全面的染色质调控图谱。
本文章通过对16个健康人的骨髓及外周血细胞共计63882个细胞进行10×ATAC测序分析,基于染色质开放程度,结果共鉴定出31个细胞亚群(图2左图)。且在此基础上分析了共116,713个顺式调控元件的热图(图2右图)。
此外,还进一步对免疫细胞的表观基因组分化轨迹进行了拟时序分析。
利用可扩展的高通量解决方案,每个通道可分析500至10,000个细胞。
上样到芯片上的细胞核回收率高达65%左右。
10×单细胞ATAC-seq需要用navoseq PE50上机测序,如10000个细胞核大概需要400M reads测序量,即40G数据。