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10x单细胞转录组测序

产品介绍

      基于10x Genomics最新Chromium系统,利用油包水的微反应体系,通过序列标签区别群体中的不同细胞和转录本,获得大量单细胞的快速高效标记、测序和分析,获得单细胞水平的基因表达谱和差异情况,并通过对复杂细胞群体进行深入细致分析,绘制大规模单细胞表达图谱,可实现数千甚至数万个单细胞群体分析,解决常规scRNA-seq方法在通量或扩展性方面存在的不足,为单细胞研究开拓新的思路。
     自动化程度高,周期短,1天内可完成从细胞悬液到cDNA文库构建等所有测序前工作。单个细胞成本低于其他方法。

技术流程

部分结果展示

结合转录比对数据和标示细胞的barcode信息,能得到单细胞的转录组图谱,

基于基因表达将细胞分类,定义新的细胞,并将细胞进行聚类、差异基因筛选、差异基因功能分析等。




10X测序介绍内容1.png

数据结果统计


10X测序介绍内容2.png

tSNE分析结果




10X测序介绍内容3.png


表达基因聚类图



送样要求

一、
细胞分离:可由合作方完成单细胞悬浮液的制备,也可交由本公司制备(需另行收费)。
二、
样本类型:活体新鲜完整细胞的细胞悬浮液;冻存的细胞悬浮液;不适于经固定、染色等处理的样本。
三、
样品总量:总量大于10⁶个细胞,同一个细胞平行准备2份(1份质检,1份实验)。
四、
样品浓度:700-1200个单细胞/μL。
五、
样本质量:细胞不能成团,少碎片,存活率>90%,细胞直径<30μm,细胞培养液中不存在逆转录抑制剂及非细胞的核酸分子。

常见问题

贵公司可消化的常见的组织类型有哪些?

小鼠的脾脏、肝脏、心脏、肺脏、脑组织、肿瘤组织;人肿瘤组织、皮肤组织、神经组织 等。

如果送样样本为肿瘤组织,需要送多大的组织块?

需要综合考虑癌组织的形状、面积等,注意不要混入坏死部分和未癌变的正常组织,肿瘤细胞数量较多的组织,材料采集大小约为1cm3(0.5-1.0克)。间质较多的组织,材料采集大小约为3cm3(1.0-3.0克)。微小样本应保证有效癌变组织大于0.3克。

单细胞mRNA测序, 极客基因有三种方法,主要的区别是什么?

1、基于 smartseq2的全长mRNA测序, 测序序列比对后能覆盖mRNA全长,不但能够分析基因表达,还能深入分析可变剪切、基因突变等信息。通量低、成本高,适用于样品数量不多的情况。 smartseq2主要实验步骤:单细胞裂解释放RNA——反转录——扩增——纯化——质检——DNA片段化——构建测序文库——测序——生信分析 ;

2、极客基因高通量multiplexed(多标签)单细胞转录组测序, 能够同时处理上百个细胞,研究大量单细胞样品间的基因表达差异,进行细胞分群。通量提高、成本降低。非全长mRNA,不能看可变剪切等信息。 主要实验步骤:单细胞裂解释放RNA——反转录——扩增——pooling、纯化——质检——DNA片段化——构建测序文库——测序——生信分析 ;

3、10X单细胞转录组测序, 同时测一个组织中上万个细胞的mRNA,分析基因差异表达、细胞分群。检测到的基因数量较其它方法少。通量高,成本低。