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单细胞多组学测序（scCOOl-seq）

产品介绍

现有的基于高通量测序来分析全基因组染色质状态的研究方法通常需要大量细胞（例如ATAC-seq、DNase-seq、FAIRE-seq、MNase-seq等）。即使这些方法可以做到单细胞分辨率，也无法对同一个单细胞的各个表观基因组层面同时进行分析，因而无法在单细胞分辨率上对多种组学之间的互动关系进行研究。而scCOOL-seq技术实现了对同一个单细胞进行多达5个层面（染色质状态、核小体定位、DNA甲基化、基因组拷贝数变异和染色体倍性）的基因组和表观基因组特征的分析。此方法对于难以大量获得的哺乳动物早期胚胎细胞的发育、以及复杂癌症等疾病研究，都将提供更全面有效的解决方案。


技术流程

部分结果展示

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A：scCOOL-seq显示小鼠胚胎干细胞转录起始位点(TSS)周围染色质可及性

  B: scCOOL-seq数据和bulk NOMe-seq数据之间的全基因组染色质可及性的相关性




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根据每个基因启动子区域在同一个发育阶段不同单细胞之间染色质状态的异质性，将小鼠的基因划分成均匀开放（Homogeneously open）、开放/关闭混合态（Divergent）、均匀关闭（Homogeneously closed）三种状态




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转录组对染色质开放状态的维持以及转录因子对染色质开放区域的调控作用



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小鼠着床前胚胎发育过程中父母源基因组DNA甲基化的不对称分布




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小鼠着床前雌性胚胎单个细胞中父母源X染色体的DNA甲基化和染色质状态的动态变化



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小鼠着床前胚胎DNA甲基化和染色质重塑特征示意图



送样要求

一、
从组织分离单细胞，要求是新鲜的组织，没有经过冷冻、固定等处理；
二、
保证细胞活性和形态完整，不要损伤细胞；
三、
分离的单细胞放入公司提供的裂解液中，使用200µl的PCR管,每管裂解液用量为3.5µl，放入细胞时带入缓冲液体积不要超过1µl；
四、
细胞数量：每个PCR管中放入一个或多个细胞，每种细胞建议取5-8个细胞做重复；
五、
单细胞放入裂解液后，离心将装有单细胞的裂解液甩至管底后，做好记录，-80℃保存，干冰运输。运输的时候要将管子做好包装，放入干冰中，以防运输过程中管子损坏。

常见问题

scCOOL-seq与ScTrio-seq的区别？

scCOOL-seq技术主要是对细胞基因组进行测序，最后可对5个层面（染色质状态、核小体定位、DNA甲基化、基因组拷贝数变异和染色体倍性）的基因组和表观基因组特征进行分析；而ScTrio-seq技术是对单细胞同时做基因组和转录组或甲基化与转录组进行测序分析。

scCOOL-seq技术优点有哪些？

该方法可以更好地覆盖全基因组，有效地解决了目前scATAC-seq研究中线粒体片段过度富集导致的有效数据量过少的问题。同时，该方法可以同时分析单个细胞中染色质开放程度、核小体定位、DNA甲基化、基因组拷贝数变异、以及染色体倍性这5个组学层面，此方法对于难以大量获得的哺乳动物早期胚胎细胞的发育、以及复杂癌症等疾病研究，都将提供更全面有效的解决方案。